どちらの学科に入っても薬剤師の資格を持った研究者になることはできますが、研究者を目指す希望が強いのなら4年制学科を選ぶことをお勧めします。
その理由は、研究者となるための勉強は、他の理系(理学、農学、工学など)と同じ様に、若い時に集中して行うことがよいからです。4年制学科で学び薬剤師国家試験の受験資格を得るには、修士課程修了後に実務実習など医療薬学関連科目を修得することが必要ですが、それらの科目を大学院の博士課程在学中に(研究に支障がない範囲で)履修してもよいとされています。
したがって、4年制学科から学び始めても博士の学位と薬剤師資格の両方を得る時期が遅くなるということはありません。